Región conocida en el siglo XIX como Rincón de Avechuco, el conjunto de tierras sobre las que actualmente se alza San Justo fue cedida en 1868 al gobernador entrante, Mariano Cabal, por el gobernador saliente, Nicasio Oroño.
El 6 de mayo ocurriría la fundación de la colonia agrícola llamada San Justo. No obstante, las frecuentes sequías impedirían la prosperidad esperada. La situación cambiaría en 1882, año en que el gobernador Simón de Iriondo dispone el repoblamiento de San Justo con el aporte de nuevos inmigrantes.
La primera comisión de fomento se establecería en 1887 en reemplazo de la autoridad policial, y en 1888 llegaría hasta San Justo el ramal Santa Fe- Resistencia del entonces Ferrocarril Santa Fe.

Para 1930, el pueblo ya contaba con varias instituciones educativas y sociales. En esa época también se concretaba el camino pavimentado que lo unía con la capital provincial. Y en 1959, conseguía el título de ciudad. Desde su creación, San Justo debió superar distintos contratiempos. Los comienzos fueron difíciles, y en 1973, un siglo después de su establecimiento, cuando todo parecía encontrarse en equilibrio, un tornado arrasó con gran parte de la ciudad, empujando nuevamente hacia la revalorización del lugar.